多糖源于植物纤维素、半纤维素聚集体，是腐植酸前体物木质素的伴生物。木质素包围着纤维素、半纤维素，以增强植物组织的机械强度。木质素具有芳香结构特征，是以苯基丙烷为基本骨架（单元）构成的三维空间聚合体。木质素也含有酚羟基、羰基、甲氧基等活性基团，在植物纤维降解过程中，部分木质素会氧化成腐植酸，而在泥炭沼泽中微生物的作用下，木质素也会缩合形成更大的分子。

由纤维素、半纤维素和木质素构成的植物细胞壁结构组成见表：植物细胞壁中纤维素、半纤维素和木质素的结构组成

纤维素葡聚糖（C6H10O5）n在生物质降解过程中由高聚糖变成低聚糖，或者二糖、单糖结构。如纤维素降解生成的葡萄糖单糖的分子式为C6H10O5。半纤维素（C5H8O4）n是戊聚糖（木聚糖、阿拉伯聚糖）、糖醛酸（葡糖醛酸、半乳糖醛酸）等的总称。在植物死亡后容易在各种细菌的作用下分解，参与矿源腐植酸的形成。

多糖结构在天然腐植酸中数泥炭腐植酸的含量高，生物质制生化腐植酸的过程中占的比例较天然煤炭腐植酸更高些。近年，匈牙利Vucskits和美国Vetvicka等发表的论文中涉及了黄腐酸对内分泌造成的甲状腺慢性病有药效，也从侧面提醒腐植酸成药中不一定要排斥糖苷，这对扩大药用级腐植酸的资源是非常有利的。

内蒙古腐植酸钠经过多年的经验发现在通常情况下，生物质原料在分离脱除多糖后，以木质素为原料，将其羰基、甲氧基，甚至次甲基等氧化成羧基，该氧化腐植酸的结构性能很接近天然矿源腐植酸，也容易进一步形成高端的合成腐植酸。